Дизайн схемасы жана полипептиддик пептиддик чынжырдын эритмеси

I. Жыйынтык
Пептиддер өзгөчө макромолекулалар, алардын тизмеги химиялык жана физикалык өзгөчөлүктөрү боюнча адаттан тыш болуп саналат.Кээ бир пептиддерди синтездөө кыйын, ал эми башкаларды синтездөө салыштырмалуу оңой, бирок тазалоо кыйын.Практикалык маселе көпчүлүк пептиддер суудагы эритмелерде бир аз эрийт, ошондуктан биздин тазалоодо гидрофобдук пептиддин тиешелүү бөлүгү суусуз эриткичтерде эритүү керек, Ошондуктан, бул эриткичтер же буферлер колдонууга катуу карама-каршы келиши мүмкүн. биологиялык эксперименталдык жол-жоболордун, ошондуктан техниктерге пептидди өз максаттары үчүн колдонууга катуу тыюу салынат, ошондуктан төмөндө изилдөөчүлөр үчүн пептиддерди долбоорлоонун бир нече аспектилери бар.

Дизайн схемасы жана полипептиддик пептиддик чынжырдын эритмеси
Экинчиден, синтетикалык кыйын пептиддердин туура тандоо
1. Төмөндө жөнгө салынган тизмектердин жалпы узундугу
15 калдыктан азыраак пептиддерди алуу оңой, анткени пептиддин өлчөмү чоңоюп, чийки продуктунун тазалыгы төмөндөйт.Пептиддик чынжырдын жалпы узундугу 20 калдыктан ашкандыктан, продуктунун так саны негизги маселе болуп саналат.Көптөгөн эксперименттерде калдык санын 20дан төмөн түшүрүү менен күтүлбөгөн эффекттерди алуу оңой.
2. Гидрофобдук калдыктардын санын азайтыңыз
hydrophobic калдыктары көп басымдуулук менен пептиддер, өзгөчө аймакта 7-12 C-терминустан калдыктары, адатта, синтетикалык кыйынчылыктарды жаратат.Бул адекваттуу эмес комбинация катары каралат, анткени синтезде В бүктөлмө барагы алынган."Мындай учурларда, экиден ашык оң жана терс калдыктарды конвертациялоо же пептиддердин курамын ачуу үчүн пептидге Gly же Pro коюу пайдалуу болушу мүмкүн."
3. "Татаал" калдыктарды жөнгө салуу
"Бир катар Cys, Met, Arg жана Try калдыктары бар, алар жалпысынан оңой синтезделбейт."Ser адатта Cys үчүн кычкылданбаган альтернатива катары колдонулат.
Дизайн схемасы жана полипептиддик пептиддик чынжырдын эритмеси

Үчүнчүдөн, сууда эрүүчү туура тандоону жакшыртуу
1. N же C терминалын тууралаңыз
Кислоталуу пептиддерге салыштырмалуу (б.а. рН 7де терс заряддуу), ацетилдөө (N-терминус ацетилдөө, С терминалы ар дайым эркин карбоксил тобун сактап) терс зарядды көбөйтүү үчүн өзгөчө сунушталат.Бирок, негизги пептиддер үчүн (башкача айтканда, рН 7де оң заряддуу) аминдоо (N-терминуста эркин амин тобу жана С-терминуста аминация) оң зарядды көбөйтүү үчүн өзгөчө сунушталат.

2. Ырааттуулукту абдан кыскартуу же узартуу

Кээ бир ырааттуулукта Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr жана Ala сыяктуу көп сандагы гидрофобдук аминокислоталар бар. Бул гидрофобдук калдыктар 50% дан ашканда, аларды эритүү оңой эмес.Пептиддин оң жана терс уюлдарын андан ары көбөйтүү үчүн ырааттуулукту узартуу пайдалуу болушу мүмкүн.Экинчи вариант - гидрофобдук калдыктарды төмөндөтүү аркылуу оң жана терс уюлдарды көбөйтүү үчүн пептиддик чынжырдын өлчөмүн төмөндөтүү.Пептиддик чынжырдын оң жана терс жактары канчалык күчтүү болсо, анын суу менен реакцияга кириши ошончолук жогору болот.
3. Сууда эрүүчү калдыкка салыңыз
Кээ бир пептиддик чынжырлар үчүн кээ бир оң жана терс аминокислоталардын айкалышы сууда эригичтигин жакшыртат.Биздин компания кислоталуу пептиддердин N-терминусу же С-терминусу Глу-Глу менен бириктирилишин сунуштайт.Негизги пептиддин N же С терминалы, андан кийин Lys-Lys берилди.Эгерде заряддалган топту жайгаштыруу мүмкүн болбосо, Ser-Gly-Ser да N же C терминалына жайгаштырылышы мүмкүн.Бирок, пептиддик чынжырдын капталдарын өзгөртүү мүмкүн болбогондо, бул ыкма иштебейт.